Altheim wurde bereits im Jahre 1142 in der Petershauser Chronik erstmals erwähnt. Die Pfarrei, seit 1275 nachzuweisen, wurde vermutlich vom Damenstift Lindau für
seine Untertanen gegründet. Bedeutendster Grundherr des frühen Altheims war das Damenstift Lindau. Es hatte das Maieramt mit dem Kellhof und das Kirchenpatronat inne.

Auch andere Herrschaften und Klöster verfügten über Besitzungen in Altheim, so die Ritter von Leonegg, die Klöster Weißenau, Petershausen, Obermarchtal und St. Blasien.  

Ritter Hans von Leonegg trat 1267 in denJohanniterorden in Überlingen ein und vermachte diesem seine Besitzungen. Im Jahre 1316 verkaufte das Johanniterhaus u. a. seine Altheimer Besitzungen an das Kloster Salem.

Die Vogtei besaß seit dem 13. Jahrhundert der Bischof von Konstanz. Sie wurde mit der Vogtei Hohenbodman vereinigt und mehrere Male verpfändet, u. a. an die Reichsstadt Überlingen, welche die Vogtei 1507 dann vollständig erwarb. Im Jahre 1779 gelang es der Reichsstadt Überlingen, für alle ihre Gebiete, also auch Altheim, von der Grafschaft Fürstenberg-Heiligenberg die hohe Gerichtsbarkeit zu erwerben. Im Dreißigjährigen Krieg litt Altheim sehr unter den Kriegsereignissen. Die Gemeinde Altheim erlangte ihre politische Selbstständigkeit als Folge der Gebietsveränderungen durch den Reichsdeputationshauptschluss von 1803 und wurde badisch.

Um Altheim herum liegen verschiedene Weiler und Einzelhöfe, die alle durch ein gutes Wegenetz mit dem Hauptort verbunden sind. Altheim hat seinen ländlichen, offenen Charakter erhalten können, wodurch ein angenehmes Wohnen gewährleistet ist.

Frickingen liegt im fruchtbaren, oberen Salemertal, das schon durch die erste alemannische Siedlungsweite urbar gemacht wurde. Das im 19. Jahrhundert in einer Bruckfelder Kiesgrube entdeckte alemannische Adelsgrab bestätigt diese Annahme. Funde aus der jüngsten Zeit deuten sogar auf Besiedlungen schon in der Steinzeit und durch Kelten hin.

Frickingen wurde 1094 erstmals in einer Urkunde des Klosters Allerheiligen in Schaffhausen erwähnt, wo ein Graf Burchard von Frickingen als Zeuge einer Besitzverleihung genannt wird. 1235 überließ Adelheid von Justingen dem Konstanzer Bischof die Burg Frickingen samt Kirche, Vogtei und sonstigem Zubehör.

Die Burg lag oberhalb von Birkenweiler. Schon um 1300 waren die Grafen von Werdenberg-Heiligenberg im Besitz der Vogteirechte. Frickingen blieb bis 1806 Heiligenbergisches, ab 1534 Fürstenbergisches Amt.

Grundbesitz hatten in Frickingen außer der Heiligenbergischen Herrschaft noch die Klöster Salem und Petershausen sowie das Überlinger Spital.

Die spätgotische Weingartenkapelle stammt vermutlich aus dem 16. Jahrhundert. Im Zuge einer Renovierung wurden 1972 künstlerisch wertvolle Fresken aus der Zeit des Manierismus freigelegt.

Die einst überwiegend landwirtschaftliche Struktur Frickingens hat sich zwar gewandelt, doch blieb das Ortsbild weitgehend erhalten. Mit der Graf-Burchard-Halle konnte 1984 ein Mittelpunkt für das sportliche, kulturelle und gesellige Leben der Gesamtgemeinde geschaffen werden. Ein weiterer Mittelpunkt entstand im Jahr 2000 mit dem Bau des neuen Rathauses als Teil der geplanten neuen Ortsmitte. Durch verstärkte Bemühungen im Bereich des Fremdenverkehrs werden zusätzliche Anreize geschaffen, das Dorf auch künftig attraktiv zu gestalten.

Leustetten wurde erstmals mit dem Namen "Lehstetin" in der Gründungsurkunde des Klosters Salem als Dingstätte genannt. Es gehörte wie Frickingen bis 1806 zur Grafschaft Heiliqenberg. Grundherren waren außer Heiligenberg das Kollegiatstift St. Stephan zu Konstanz sowie das Kloster Salem. Zu Leustetten zählten auch die Weiler Steinenberg, Finkenhausen und Lampach. Nach dem Übergang an Baden gehörte Leustetten bis 1832 zur Gemeinde Frickingen. Bis 1291 zählte Leustetten zur Pfarrei Frickingen, seither bis heute ist es in die Pfarrei Weildorf eingegliedert. Mit viel Bürgersinn und in Eigenarbeit bauten die Leustetter 1971 ihr eigenes Freibad. Eine weitere Bereicherung stellt die 1999 einst zur Gerberei Mantz gehörende in Privatinitiative renovierte Lohmühle dar, die der Öffentlichkeit als Technisches Museum zugänglich ist.

Die Gesamtgemeinde Frickingen wurde durch die Gemeindereform 1973 aus diesen drei ehemals selbstständigen Gemeinden Frickingen, Altheim und Leustetten gebildet. Sie zählt heute knapp 3000 Einwohner und hat sich aufgrund ihrer gesunden Infrastruktur in den letzten Jahren zu einer attraktiven Wohngemeinde mit einer lebendigen Vereinstätigkeit entwickelt. Die Kreisreform von 1971 veränderte das Gesicht des 1939 aus den Bezirksämtern Pfullendorf und Überlingen gebildeten Landkreises Überlingen. Der gesamte untere Linzgau ging mit Heiligenberg, in dem neu entstandenen Bodenseekreis mit Sitz in Friedrichshafen auf.